2018年，西南医科大学附属医院粪菌移植中心实验室投用，是西南地区首个标准化粪菌移植中心。 2017年4月，西南医科大学附属医院完成首例粪菌移植。一名62岁患者因慢性缩窄性心包炎，反复出现腹胀、腹痛、便秘等肠梗阻症状，因常规治疗无明显效果，取得患者同意后，医生为患者实施了经下消化道粪菌移植手术，重建患者肠道菌群。 粪菌移植后第3天，患者腹痛、腹胀、呕吐等不全性肠梗阻症状得到改善，随后过渡到正常饮食，1周后复查肠镜显示患者肠道粘膜修复，患者食欲饮食改善，1个月后体重增加了5千克，患者身体情况恢复后转入外科顺利完成手术治疗。 目前，西南医科大学附属医院菌群移植中心一共完成了百余例粪菌移植治疗。